COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 3.126682 1.939655 1.991116
2021-07-07 17:00:00 2.417714 2.417714 1.966816
2021-07-06 17:00:00 1.955500 1.955500 1.929290
2021-07-05 17:00:00 2.139991 2.139991 1.903393
2021-07-04 17:00:00 1.923810 1.923810 1.891863
2021-07-03 17:00:00 1.644493 1.644493 1.862053
2021-07-02 17:00:00 1.714347 1.714347 1.841576

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 5.163330 5.163330 3.015696
2021-07-07 17:00:00 3.424658 3.424658 2.936178
2021-07-06 17:00:00 2.917772 2.917772 2.870269
2021-07-05 17:00:00 1.871658 2.795899 2.778469
2021-07-04 17:00:00 1.460280 2.268603 2.670275
2021-07-03 17:00:00 1.351351 2.475685 2.564354
2021-07-02 17:00:00 1.721557 1.721557 2.452162

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 6.048387 6.048387 4.016436
2021-07-07 17:00:00 5.286344 5.286344 3.932671
2021-07-06 17:00:00 3.381643 3.381643 3.808112
2021-07-05 17:00:00 2.173913 0.446429 3.565306
2021-07-04 17:00:00 3.797468 3.797468 3.725348
2021-07-03 17:00:00 5.045872 5.045872 3.870257
2021-07-02 17:00:00 1.465201 1.465201 3.848738

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 2.968664 2.968664 1.786000
2021-07-07 17:00:00 2.027748 2.027748 1.762435
2021-07-06 17:00:00 1.305221 1.305221 1.711084
2021-07-05 17:00:00 2.040816 0.619718 1.660184
2021-07-04 17:00:00 1.552393 1.552393 1.670649
2021-07-03 17:00:00 3.311650 3.311650 1.671645
2021-07-02 17:00:00 0.732394 0.732394 1.672280

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 7.681366 7.681366 6.132230
2021-07-07 17:00:00 11.298207 5.975014 6.133176
2021-07-06 17:00:00 5.270864 5.270864 6.199095
2021-07-05 17:00:00 7.789233 5.975014 6.356816
2021-07-04 17:00:00 5.702436 5.702436 6.406775
2021-07-03 17:00:00 7.066599 7.066599 6.442158
2021-07-02 17:00:00 5.587229 5.587229 6.453168

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 6.791908 4.299133 4.015771
2021-07-07 17:00:00 4.108681 4.108681 3.997154
2021-07-06 17:00:00 3.023118 3.023118 3.974102
2021-07-05 17:00:00 8.226950 4.160689 3.999632
2021-07-04 17:00:00 4.605846 4.605846 4.037373
2021-07-03 17:00:00 4.606662 4.606662 4.067664
2021-07-02 17:00:00 3.463855 3.463855 4.101446

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 2.831595 2.831595 2.067738
2021-07-07 17:00:00 2.455357 2.455357 1.993649
2021-07-06 17:00:00 1.625000 1.625000 1.953915
2021-07-05 17:00:00 0.576369 0.576369 1.903345
2021-07-04 17:00:00 1.829268 1.829268 1.810894
2021-07-03 17:00:00 1.434720 1.434720 1.734405
2021-07-02 17:00:00 2.896552 2.896552 1.702705

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 4.444444 4.444444 3.068159
2021-07-07 17:00:00 3.676211 3.676211 2.995088
2021-07-06 17:00:00 1.428923 2.156535 2.892852
2021-07-05 17:00:00 3.336013 3.336013 2.788892
2021-07-04 17:00:00 2.618297 2.618297 2.766715
2021-07-03 17:00:00 2.639752 2.639752 2.695549
2021-07-02 17:00:00 2.540691 2.540691 2.668028

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 1.035599 1.035599 0.676545
2021-07-07 17:00:00 1.477105 0.812408 0.672135
2021-07-06 17:00:00 0.443599 0.443599 0.656887
2021-07-05 17:00:00 1.098901 0.517799 0.673996
2021-07-04 17:00:00 0.781250 0.781250 0.679205
2021-07-03 17:00:00 0.362319 0.362319 0.664934
2021-07-02 17:00:00 0.729927 0.729927 0.665400

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 1.995915 1.239324 1.157760
2021-07-07 17:00:00 0.885740 1.160319 1.156108
2021-07-06 17:00:00 1.150758 1.150758 1.154744
2021-07-05 17:00:00 0.846052 1.150758 1.150500
2021-07-04 17:00:00 1.109229 1.109229 1.142448
2021-07-03 17:00:00 0.911458 1.240035 1.132444
2021-07-02 17:00:00 1.078431 1.078431 1.125723

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 5.172414 5.172414 3.682990
2021-07-07 17:00:00 4.593640 4.593640 3.527358
2021-07-06 17:00:00 4.382022 4.382022 3.328197
2021-07-05 17:00:00 1.173021 0.425080 3.113566
2021-07-04 17:00:00 3.565217 3.565217 2.932456
2021-07-03 17:00:00 3.579418 3.579418 2.766634
2021-07-02 17:00:00 2.975558 2.975558 2.599963

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 1.226994 0.306748 0.325660
2021-07-07 17:00:00 2.312139 0.578035 0.329867
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.309673
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.287577
2021-07-04 17:00:00 0.681818 0.681818 0.292435
2021-07-03 17:00:00 0.300300 0.300300 0.324754
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.362449

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 2.551020 2.551020 2.650860
2021-07-07 17:00:00 3.333333 3.333333 2.544776
2021-07-06 17:00:00 5.660377 2.075472 2.615007
2021-07-05 17:00:00 1.234568 1.234568 2.627950
2021-07-04 17:00:00 3.809524 3.809524 2.589247
2021-07-03 17:00:00 3.196347 3.196347 2.656116
2021-07-02 17:00:00 3.252033 3.252033 2.683069

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 0.720721 0.720721 0.648251
2021-07-07 17:00:00 0.867679 0.867679 0.701314
2021-07-06 17:00:00 0.214133 0.214133 0.720974
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.711308
2021-07-04 17:00:00 1.077199 1.077199 0.706579
2021-07-03 17:00:00 0.344828 0.570342 0.691609
2021-07-02 17:00:00 1.026393 1.026393 0.706545

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 1.659423 1.659423 0.862466
2021-07-07 17:00:00 0.993271 0.993271 0.835105
2021-07-06 17:00:00 0.845948 0.845948 0.803149
2021-07-05 17:00:00 0.649070 0.649070 0.771996
2021-07-04 17:00:00 0.960846 0.960846 0.757722
2021-07-03 17:00:00 0.462718 0.840740 0.744276
2021-07-02 17:00:00 0.425170 0.425170 0.729544

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 4.364184 4.364184 3.239404
2021-07-07 17:00:00 3.066333 3.066333 3.109320
2021-07-06 17:00:00 4.344678 4.344678 3.082422
2021-07-05 17:00:00 1.425856 1.425856 2.937975
2021-07-04 17:00:00 5.341880 5.341880 2.924548
2021-07-03 17:00:00 2.442827 2.442827 2.882595
2021-07-02 17:00:00 2.524956 2.524956 2.910444

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 1.637427 1.637427 1.062207
2021-07-07 17:00:00 1.126126 1.126126 1.031442
2021-07-06 17:00:00 1.247031 1.247031 0.981945
2021-07-05 17:00:00 1.477833 0.511364 0.943220
2021-07-04 17:00:00 1.902174 1.902174 0.923287
2021-07-03 17:00:00 0.358102 0.358102 0.907661
2021-07-02 17:00:00 1.178689 1.178689 0.880989

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 4.547342 2.585133 2.953222
2021-07-07 17:00:00 2.710768 2.710768 2.962933
2021-07-06 17:00:00 3.442505 3.442505 2.927815
2021-07-05 17:00:00 2.255932 2.255932 2.917834
2021-07-04 17:00:00 2.888700 2.888700 2.965882
2021-07-03 17:00:00 3.544036 3.544036 2.961570
2021-07-02 17:00:00 3.400355 3.400355 2.952726

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 2.147099 1.176336 1.139914
2021-07-07 17:00:00 0.850270 0.850270 1.120502
2021-07-06 17:00:00 1.381410 1.381410 1.117171
2021-07-05 17:00:00 2.513795 0.959963 1.100894
2021-07-04 17:00:00 1.184147 1.184147 1.089099
2021-07-03 17:00:00 1.232742 1.232742 1.086084
2021-07-02 17:00:00 1.390221 1.390221 1.076749

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 2.663438 2.663438 1.351700
2021-07-07 17:00:00 1.310861 1.310861 1.342875
2021-07-06 17:00:00 0.192308 0.192308 1.339695
2021-07-05 17:00:00 1.898734 0.603622 1.313521
2021-07-04 17:00:00 2.650602 2.650602 1.309163
2021-07-03 17:00:00 1.234568 1.234568 1.378982
2021-07-02 17:00:00 1.810865 1.810865 1.454002

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 2.409639 0.602410 0.510373
2021-07-07 17:00:00 0.813008 0.813008 0.632837
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.739601
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.771456
2021-07-04 17:00:00 0.000000 0.000000 0.831094
2021-07-03 17:00:00 1.401869 1.401869 0.818228
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.877610

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-08 17:00:00 2.750092 2.738811 3.137889
2021-07-07 17:00:00 14.598540 14.598540 3.080965
2021-07-06 17:00:00 3.128023 1.805869 2.977659
2021-07-05 17:00:00 3.501946 3.501946 2.925694
2021-07-04 17:00:00 2.475479 2.475479 2.881769
2021-07-03 17:00:00 1.176051 3.248031 2.794020
2021-07-02 17:00:00 3.082747 3.082747 2.736959

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.163330 5.163330 3.015696
Basilicata 6.048387 6.048387 4.016436
Calabria 2.968664 2.968664 1.786000
Campania 7.681366 7.681366 6.132230
Emilia-Romagna 6.791908 4.299133 4.015771
Friuli Venezia Giulia 2.831595 2.831595 2.067738
Lazio 4.444444 4.444444 3.068159
Liguria 1.035599 1.035599 0.676545
Lombardia 1.995915 1.239324 1.157760
Marche 5.172414 5.172414 3.682990
Molise 1.226994 0.306748 0.325660
P.A. Bolzano 2.551020 2.551020 2.650860
P.A. Trento 0.720721 0.720721 0.648251
Piemonte 1.659423 1.659423 0.862466
Puglia 4.364184 4.364184 3.239404
Sardegna 1.637427 1.637427 1.062207
Sicilia 4.547342 2.585133 2.953222
Toscana 2.147099 1.176336 1.139914
Umbria 2.663438 2.663438 1.351700
Valle d'Aosta 2.409639 0.602410 0.510373
Veneto 2.750092 2.738811 3.137889

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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